Źródła Czarnej Orawy znajdują się na stokach
Żeleźnicy
. Górny bieg potoku nosi nazwę Orawka. Rzeka przepływa przez
Kotlinę Orawsko-Nowotarską
i na samej granicy polsko-słowackiej uchodzi do sztucznego zbiornika wodnego -
Jeziora Orawskiego
.
Do czasu powstania Jeziora Orawskiego końcowe 19 km dolnego biegu rzeki znajdowało się na terytorium Słowacji. Koło wsi Uście (obecnie słow. Ústie nad Priehradou) w okolicach
Trzciany
Czarna Orawa łączyła się z
Białą Orawą
, tworząc rzekę
Orawę
. Obecnie, po skróceniu biegu o tereny zalewowe zbiornika, rzeka w całości znajduje się w granicach Polski.