Później został czołową postacią na rodzącym się polu
genomiki
, kiedy to w 1995 roku wraz ze swoim zespołem w Instytucie Badań Genomiki w
Rockville (Maryland)
odczytał pierwszy
genombakteriiHaemophilus influenza. H. influenza, ten sam organizm, w którym Smith odkrył enzymy restrykcyjne w latach 60. Następnie odegrał kluczową rolę w odczytywaniu wielu genomów w Instytucie Badań Genomiki oraz w odczytywaniu
ludzkiego
genomu w ośrodku badań Celera Genomics, do którego przyłączył się w chwili jego założenia w 1998 roku.