Sprawował urząd papieża od kwietnia
997
do lutego
998
roku. W tym okresie papiestwo było przedmiotem sporów, przede wszystkim na tle interesów politycznych i gospodarczych. Kresencjusz II, przy pomocy bizantyjskiej przeprowadził wybór na papieża biskupa z Piacenzy - Jana Filagatosa (Jan XVI), z pochodzenia Greka. Antypapież Jan XVI poniósł karę, gdy
Otton III
powtórnie przybył do Rzymu. Kresencjusza ścięto, natomiast Jan XVI został okaleczony i zamknięty w klasztorze do końca swoich dni. Dzięki poparciu cesarza, do władzy powrócił prawowity papież -
Grzegorz V
.
