Wspólnie z
Rolfem Zinkernagelem
odkrył mechanizm rozpoznawania komórek zakażonych wirusami i komórek nowotworowych przez system odpornościowy organizmu. Za odkrycia dotyczące pośredniczenia komórki w obronie immunologicznej organizmu obu uczonych uhonorowano w
1996
roku
Nagrodą Nobla
. Doherty został także laureatem
Nagrody Laskera
w
1995
roku oraz otrzymał tytuł Australijczyka Roku
1997
, przyznawany przez specjalny komitet państwowy[1][2].