Sekretarz generalny (wybierany na 4-letnią kadencję) jest odpowiedzialny za kierowanie i wspieranie opartego na konsultacjach procesu decyzyjnego Sojuszu. Może poddawać nowe tematy do dyskusji, uczestniczy aktywnie w podejmowaniu decyzji oraz wspiera rozwiązywanie konfliktów między państwami członkowskimi. Jest również głównym rzecznikiem NATO. W razie niemożności wykonywania swoich obowiązków jest on zastępowany przez swojego przedstawiciela (Deputy Secretary General).