Macierz mitochondrialna (
łac.matrix) - bezpostaciowa substancja wypełniająca wnętrze
mitochondrium
. W jej skład wchodzą między innymi
enzymy
przyspieszające reakcje utleniania substancji organicznych. W macierzy zawieszone są także niewielkie cząsteczki
jego własnego DNA
oraz
rybosomy
. Dzięki temu mitochondria
syntetyzują niektóre swoje białka
.