Podłożem geologicznym dla Sahary jest platforma saharyjska, która od wschodu sąsiaduje z platformą nubijską-arabską. Obydwie platformy pokryte są przez rozległe niecki oraz tarcze krystaliczne. Niecki tworzą baseny sedymentacyjne, które wypełnione są przez osady pochodzenia lądowego. Odpowiednia budowa geologiczna platformy saharyjskiej umożliwiła powstanie w nieckach zasobnych i bogatych wód artezyjskich. Część wschodnia Sahary jest obszarem podlegającym wahaniom sejsmicznym, obszar ten obejmuje wybrzeże Morza Czerwonego. Obszar ten jest również przedłużeniem systemu Wielkich Rowów Afrykańskich. W obszarze tym dochodzi również do procesu rozpadu płyt litosfery.