Niektóre strunowce, skorupiaki i głowonogi (np. kalmary, ośmiornice) mają silnie ukrwione skrzela znajdujące się pod powłoką ciała, które nazywane są skrzelami wewnętrznymi. Poza łodzikami mającymi dwie pary skrzeli, wszystkie współczesne głowonogi mają tylko jedną parę, która znajduje się w tylnej części jamy płaszczowej okrywającej narządy i gruczoły, odpowiedzialnej także za regulowanie przepływu wody przez skrzela. W naczyniach krwionośnych krew często płynie w kierunku przeciwnym niż woda obmywająca skrzela. Mechanizm taki sprawia, że np. u części ryb, z wody obmywającej skrzela, do naczyń krwionośnych dyfunduje nawet 80% tlenu, i to pomimo faktu, że różnica stężeń tego gazu jest bardzo mała.