Jan XXIII przyczynił się do zwołania II soboru watykańskiego w czasie od 11 października 1962 r. do 8 grudnia 1965 r. Obrady soboru dotyczyły trzech istotnych kwestii:
udział Kościoła w rozwiązywaniu problemów świata, zwłaszcza pokoju na świecie
odnowienie struktur kościelnych – wprowadzenie języków narodowych do liturgii
