Papieża wybierali biskupi i cesarz, lecz często zdarzało się, że zostawała nim osoba posłuszna władcom świeckim (zwłaszcza cesarzowi) niż najbardziej godna tego zaszczytu. Dochodziło także do tego, że niektórzy papieże zdołali obronić swoją pozycję. Konflikty o władzę nad Kościołem doprowadziły do tego, że w połowie XI w. duchowni podjęli działania, które uniezależniłyby Kościół od władzy świeckiej. Wówczas biskupi i opaci ustalili, że papieża wybierać będzie konklawe (zgromadzenie kardynałów). W 1075 r. papież Grzegorz VII (na stanowisko od 1073 - 1085) ogłosił specjalnym dokumentem wyższość władzy papieskiej nad cesarską (cesarzem był wówczas Henryk IV).