Są przypuszczenia, że grzyby wyszły na ląd razem z pierwszymi
ryniofitami i
stawonogami w
sylurze (440-408 mln lat temu) jako ich
pasożyty. Grzyby
saprofityczne zbliżone do form współczesnych znane są nam dopiero od połowy
karbonu. Należy jednak pamiętać, że nie mają one żadnych elementów szkieletowych i dlatego ich szczątki są bardzo rzadko spotykane. Właściwie bardzo mało wiadomo także o ich późniejszej lądowej
ewolucji. Wśród grzybów wyróżnia się trzy główne linie rozwojowe. Pierwsza prowadzi do
skoczków, które zachowały wiele cech prymitywnych (m. in.
gamety opatrzone
wicią). Druga linia prowadzi do komórczakowych
sprzeżniowych, trzecia natomiast do najwyżej rozwiniętych
workowców i
podstawczaków, czyli tak zwanych grzybów wyższych (z nich workowce wydają się grupą pierwotniejszą).