Uprzywilejowany Kościół był niezadowolony kształtującą się sytuacją, gdyż empiryzm i racjonalizm krytykowały pozycję kleru, jak i samą wiarę, religię i podważały dogmaty. Wpłynęło to na rozwój deizmu i ateizmu. Deiści zakładali istnienie Boga jedynie jako stwórcę, który po stworzeniu Świata nie ingerował w dzieje ludzkości, zaś ateiści całkowicie odrzucili istnienie Boga. Według myślicieli oświecenia, życie miało się odbywać wyłącznie w zgodzie z naturą, a można było do tego doprowadzić wykorzystując wyłącznie doświadczenie i rozum, ponadto dualizm i ateizm wskazywały, że istnienie jakiejkolwiek religii jest bezcelowe i niczemu nie służy.
