Wśród heterotrofów większość stanowią formy roztoczowe, saprofityczne, żywiące się martwą materią organiczną. Razem z grzybami odgrywają ważną rolę w krążeniu pierwiastków w przyrodzie. Zawdzięczamy im rozkład obumarłych ciał roślinnych i zwierzęcych, stopniowo aż do prostych związków nieorganicznych. W ten sposób bakterie te zapobiegają gromadzeniu się martwej materii organicznej oraz umożliwiają przechodzenie do gleby prostych związków, z której mogą być ponownie pobrane rośliny. Do saprobiontów należą też bakterie rozkładające produkty żywnościowe, oraz te, które wytwarzają substancje toksyczne dla organizmu ludzkiego, np. bakterie jadu kiełbasianego.
