Serbowie walczyli też z Chorwatami, a muzułmanie z Serbami i Chorwatami. W czasie wojny dochodziło do masowego łamania praw człowieka i zbrodni wojennych popełnionych przez wszystkie strony. Kres temu konfliktowi położył układ podpisany w listopadzie 1995 roku w Dayton, dzielący Bośnię i Hercegowinę na strefy etniczne: serbską i muzułmańsko – chorwacką.
Nowy konflikt w byłej Jugosławii na dużą skalę wybuchł w Kosowie w 1998 roku gdy władze Nowej Jugosławii zdecydowały się przeciwstawić separatyzmowi kosowskich Albańczyków (stanowiących większość mieszkańców Kosowa). Rezultatem tych działań było zajęcie prowincji przez armię jugosłowiańską i ucieczka ponad 600 tys. Albańczyków.
