Komisja Unii jest odpowiednikiem sekretariatu i pełni funkcje administracyjne. Na jej czele stoi przewodniczący. Do obowiązków przewodniczącego należy m.in. przygotowywanie projektu budżetu UA oraz rocznych sprawozdań z działalności Unii.
Parlament Panafrykański to organ powołany w 2001 roku na wzór Parlamentu Europejskiego. Pełni przede wszystkim funkcję doradczą i opiniodawczą.
Rada Pokoju i Bezpieczeństwa to organ odpowiadający za bezpieczeństwo na kontynencie. Dysponuje prawem interwencji zbrojnej w konfliktach między państwami.
