3. Sprawdzenie warunków zatrzymania- określenie takiego warunku dla algorytmu genetycznego zależy od jego konkretnego zastosowania. Zatrzymanie algorytmuw zagadnieniach optymalizacji następuje po uzyskaniu żądanej wartości optymalnej lub w przypadku, gdy jego dalsze działanie nie poprawia już uzyskanej najlepszej wartości. Algorytm może zostać zatrzymany po upływie określonego czasu lub określonej ilości iteracji. Jeśli warunek zatrzymania jest spełniony następuje przejście do ostatniego kroku, czyli wyprowadzenia "najlepszego" chromosomu. W przypadku niespełnienia powyższego warunku następnym krokiem jest selekcja.
4. Selekcja chromosomów- polega na wybraniu na podstawie obliczonych wartości funkcji przystosowania (krok 2), tych chromosomów, które brały udział w tworzeniu potomków do następnego pokolenia (następnej generacji). Wybór jest zgodny z zasadą naturalnej selekcji tzn. największe szanse na udział w tworzeniu nowych osobników mają chromosomy o największej wartości funkcji przystosowania. W wyniku procesu selekcji zostaje utworzona populacja rodzicielska zwana pulą rodzicielskąo liczebności równej liczebności bieżącej populacji.