Paprotniki rosną przede wszystkim w miejscach wilgotnych i zacienionych, na przykład w wilgotnych lasach, wzdłuż potoków oraz na terenach zabagnionych. Niektóre gatunki występują tez na łąkach, nieużytkach i polach uprawnych. Większość paprotników to rośliny ciepłolubne, dlatego najwięcej gatunków rośnie w tropikach.
Paprotniki wytwarzają typowe organy: korzenie, łodygi (najczęściej mają formę podziemnych kłączy, które przytwierdzają rośliny do podłoża i magazynują substancje odżywcze) i liście.