W zupełnie odrębnym środowisku funkcjonuje roślinność mórz, oceanów, jezior i rzek. Rozwinęła się ona przede wszystkim w warstwie wód powierzchniowych, do której docierają promienie słoneczne. Głębiej nie występują już rośliny zielone (fotosyntezujące), a jedynie nieliczne gatunki odżywiające się bez udziału światła.
Dno strefy litoralnej (przybrzeżnej) porastają m.in. rozmaite glony (sinice, zielenice, brunatnice, okrzemki, i in.), zaś na wodach otwartych dryfuje plankton roślinny. W wodach słodkich częściej można spotkać rośliny kwiatowe, np. grzybienie (lilie wodne). Roślinność wodna dobrze rozwija się w zbiornikach zakwaszonych. Tworzą się tu najczęściej przybrzeżne łany trzciny, pałki, tataraku i sitowia. Występują także rośliny zakorzenione, o liściach pływających oraz rośliny całkowicie zanurzone.
