Stacja znajduje się na obszarze Nowego Portu, dysponuje jednym peronem (odjazdy i przyjazdy pociągów SKM odbywały się w ruchu wahadłowym z jednego toru). W bliskim sąsiedztwie stacji (dojście przez ulicę Podjazd) przebiega ulicą Oliwską
linia tramwajowa
łącząca Nowy Port z Brzeźnem i
Wrzeszczem
. Przystanek obsługiwał obszar portowo-przemysłowy nad
Kanałem Portowym
vis-a-vis
Westerplatte
i pobliski zespół szkół ogólnokształcących.
W trakcie remontu dojazdu do Terminala Promowego w Nowym Porcie, który miał miejsce latem
2007
, całkowicie zdemontowano tor między p.o.
Gdańsk Brzeźno
a p.o. Gdańsk Nowy Port. W praktyce oznacza to, że p.o. Gdańsk Nowy Port ulegnie całkowitej fizycznej likwidacji.