W okresie pontyfikatu Jana III w
568
rozpoczęły się najazdy
Longobardów
, które nękały
Rzym
przez kolejne kilkanaście lat.
Ważnym wydarzeniem w tym czasie była także śmierć po wieloletnim panowaniu cesarza
BizancjumJustyniana
(
565
), który w 561 zatwierdził wybór Jana na
papieża
.
Jan III był drugim papieżem po
Janie II
który zmienił imię po wyborze. Przed wyborem nosił imię Katelinus i był synem Anastazego.