Narządami wydalniczymi wielu
stawonogów są przekształcone
metanefrydia. Zlokalizowane są one w parzystych gruczołach czułkowych i szczękowych u
skorupiaków (ich ujścia znajdują się u nasady czułków drugiej pary lub szczęk) oraz gruczołach biodrowych u
pajęczaków. Innym specyficznym typem narządów wydalniczych są
cewki Malpighiego. Mają one postać zamkniętych od strony jamy ciała cienkich kanalików, których ujście znajduje się na granicy pomiędzy
jelitem środkowym i
tylnym. Kanaliki te zbierają zbędne i szkodliwe
metabolity z płynu wypełniającego jamę ciała (
hemolimfy) i przekazują je do jelita. Tam zaś po
resorpcji wody, razem z resztkami pokarmu są usuwane na zewnątrz.
Cewki Malpighiego występują u owadów,
wijów i wyżej uorganizowanych pajęczaków. Stawonogi wydalają głównie silnie rozcieńczony
amoniak. Lądowe
stawonogi natomiast oszczędzając wodę, przetwarzają amoniak w
związki azotowe słabo rozpuszczalne w wodzie (pajęczaki -
guanina czy owady -
kwas moczowy).