Złożoność zależności w układach ekologicznych wyższych niż ekosystem jest ogromna i uniemożliwia opisanie wszystkich występujących w przyrodzie interakcji i ich modelowanie (nawet za pomocą największych komputerów). Dotychczas udało się jedynie wydzielić i opisać zespoły ekosystemów charakterystyczne dla określonego obszaru geograficznego, czyli biomy, a także prześledzić obieg niektórych pierwiastków w obrębie biosfery. Ta część ekologii bardzo wyraźnie zazębia się z biogeografią. Biomy są wielkimi zespołami organizmów lądowych, charakterystycznymi dla określonego klimatu. W skład biomu wchodzi formacja roślinna i wszystkie związane z nią zwierzęta.