Gleby są żyzne, głównie czarnoziemy, g. brunatne i rędziny.
Naturalna roślinność została przekształcona przez człowieka, obecnie dominują grądy i dąbrowy
Klimat Wyżyny Małopolskiej jest zróżnicowany, nieco chłodniejszy i wilgotniejszy w obrębie Gór Świętokrzyskich. Przy średniej rocznej temperaturze regionu 7,5°C.
Opady dochodzą do 800 mm w Górach Świętokrzyskich, spadając do 550 mm w Niecce Nidziańskiej.
Wyżyna Małopolska dzieli się na 3 makroregiony: Wyżynę Przedborską, Wyżynę Kielecką i Nieckę Nidziańską