Charakterystyczną cechą budowy ciała szkarłupni jest obecność wapiennego szkieletu. Składa się on z licznych płytek o porowatej strukturze, tworzących sztywny pancerz otaczający całe zwierzę. Nie jest to jednak typowy szkielet zewnętrzny. Tworzące go płytki są wytworem skóry właściwej (pochodzą z mezodermy), a nie ektodermalnegonaskórka (jak na przykład u stawonogów). Płytki pancerza często zaopatrzone są w kolce, u jeżowców poruszane przy pomocy mięśni.