Wakuola (kolor różowy) - jedna z organelli Autor: Mnolf
Poszczególne organellekomórkowe różnią się między sobą gęstością i masą, więc następnym krokiem jest przeprowadzenie wirowania różnicowego, to znaczy ze wzrastającą prędkością obrotów na minutę (nawet do 100 tys. obrotów)i w określonym czasie. W procesie tym najcięższe organelle opadają na dno próbki i tworzą osad, a nad nimi pozostaje roztwór, który następnie przelewa się do innej próbki i jest poddawany kolejnemu procesowi wirowania w celu oddzielenia następnych organelli (to każda struktura występująca w cytoplazmie komórki, wyspecjalizowana do pełnienia określonej funkcji).