Układ ten u kręgowców złożony jest z przewodu pokarmowego z otworem gębowym i odbytem. Posiadają także dodatkowe gruczoły, wspomagające trawienie. W przewodzie pokarmowym można wyróżnić jamę gębową i gardziel (u form wodnych przebitą szczelinami skrzelowymi), przełyk, żołądek (dodatkowo przed żołądkiem może występować wole – uchyłek służący magazynowaniu połkniętego pokarmu). Z żołądka wychodzi pierwszy odcinek jelita środkowego, zwany dwunastnicą, do którego uchodzą kanały gruczołów trawiennych – trzustki i wątroby. W tej części przewodu pokarmowego następuje trawienie i wchłanianie substancji odżywczych. Odzyskiwanie wody z treści pokarmowej następuje w jelicie tylnym kręgowców.