U większości roślin, podczas niedoboru dwutlenku węgla w oświetlonych
chloroplastach, zachodzi
utlenianie tlenu, a dodatkowo dochodzi do wydzielania dwutlenku węgla. Zużywany jest
adenozynotrifosforan (ATP) i
oksydacji ulega także rybulozo-1,5-bisfosforan (
RuBP). Proces ten nazywa się
fotooddychaniem. Fotooddychanie jest niekorzystne z punktu widzenia gospodarczego i ekonomicznego, ponieważ zmniejsza się liczebność RuBP, co z kolei mocno ogranicza wydajność
fotosyntezy. Za fotooddychanie odpowiada
enzym, który przeprowadza
asymilację dwutlenku węgla. Przy wysokiej temperaturze i niskim stężeniu CO
2, RuBP i tlen są wykorzystywane jako substraty dla
rubisco.