Morze Bałtyckie ma bardzo niskie zasolenie. Spowodowane jest to przez ograniczoną wymianę wód z oceanem i jako morze śródlądowe otrzymuje duże ilości słodkich wód rzecznych. Przeciętne zasolenie Bałtyku wynosi 7‰ (w oceanach 35‰). Istnieją jednak spore różnice: od 30‰ w cieśninie Skagerrak do 6 – 8‰ na polskimwybrzeżu. Zatokę Botnicką cechuje najmniejsze zasolenie: w czasie wiosennych roztopów spada ono do ok. 1-2‰, co jest porównywalne z wodami jeziora Łebsko. W układzie pionowych zaznacza się tendencja do występowania bardziej zasolonych wód przy dnie.