Pod względem odżywiania bakterie dzielą się na formy cudzożywne (heterotroficzne) i samożywne (autotroficzne).
Odżywianie heterotroficzne polega na pobieraniu gotowej materii organicznej wytwarzanej przez innej organizmy.
Odżywianie autotroficzne polega na samodzielnym wytwarzaniu materii organicznej z materii nieorganicznej. Jeśli niezbędna do tego energia pochodzi z utleniania prostych związków mineralnych, mamy do czynienia z chemosyntezą. W przypadku, gdy do asymilacji dwutlenku węgla wykorzystywana jest energia świetlna, znaczy to, że organizmy te przeprowadzają fotosyntezę.