Na obszarze Sahary bark jest stałych rzek. Jedynie powstają podczas rzadkich ulew rzeki epizodyczne (chwilowy), które swój bieg często kończą w gorących piaskach pustyni wyparowując. Zatem Sahara jest obszarem bezodpływowym. Wyjątek stanowi rzeka Nil, która jest jedyną stałą rzek. Jej długość wynosi 6671 km. Płynąca przez Saharę rzeka nie jest zasilana żadnymi stałymi dopływami. Wszystko jest zatem uzależnione od opadów atmosferycznych w górnym biegu Nilu. Jedyną porą roku podnoszącą stan wody jest jesień. W Kairze średni roczny przepływ wynosi 2284 m3/s. Na Nilu został wybudowany w 1970 roku zbiornik Nasera, który pozwala nawadniać pobliskie tereny pustynne nawet przez cały rok oraz produkuje energię elektryczną.