Migdałki stanowią barierę dla czynników chorobotwórczych, ale niejednokrotnie dochodzi do zapalenia samych migdałków. Najczęściej jest to efekt chorobowy zakażenia organizmu paciorkowcami, czyli anginy. W przypadku częstych angin albo w przypadku przerostu migdałków podniebiennych z upośledzeniem oddychania wskazane jest ich operacyjne wycięcie.