Organizmy te stanowią grupę młodszą ewolucyjnie od
Archaebacteria. Są także grupą o większych możliwościach adaptacyjnych, czego dowodem jest znacznie większe
zróżnicowanie. Eubakterie przyjmują trzy podstawowe kształty: kulisty, pałeczkowaty lub spiralny.
Do tej grupy zaliczamy bakterie gramdodatnie i gramujemne,
których podstawą klasyfikacji jest budowa
ściany komórkowej.