Gdy walki trwały już kilka miesięcy, zdano sobie sprawę o niepowodzeniu powstania, bowiem nie doszło do wyzwolenia żadnych terenów, niektóre oddziały zostały rozbite przez wojska carskie lub ich członkowie rozeszli się z powodu braku jakichkolwiek sukcesów. Tymczasem zmieniony w maju 1863 r. Tymczasowy Rząd Narodowy na Rząd Narodowy, przekazał w październiku władzę dyktatorskąRomualdowi Trauguttowi, który następnie zreorganizował wojska powstańcze i wydał dekrety dotyczące uwłaszczenia chłopów. Jednak jego decyzje, energia i poświęcenie nie zdołały zmienić losu powstania, które było już przesądzone. Pozostał na zajmowanym stanowisku do końca, do momentu gdy w kwietniu 1864 r., wraz z innymi członkami Rządu Narodowego, został aresztowany i powieszony na stokachCytadeli w Warszawie, co ostatecznie zakończyło powstanie.