KlimatPojezierza Gnieźnieńskiego wykazuje pływy oceaniczne. We wschodniej części opady są mniejsze niż w zachodniej i należą do najmniejszych w Polsce. Przewaga mas powietrza z zachodu powoduje większe opady na terenach bardziej wysuniętych w kierunku napływu, natomiast mniejsze – leżące w „cieniu opadowym”. Większość jezior Pojezierza Gnieźnieńskiego stanowią jeziora rynnowe. Największym jest Gopło ( 21,5 km2) w dalszej kolejności Jezioro Powidzkie ( 11,7 km2) i Jezioro Pakoskie ( 8,1 km2). Przez Gopło przepływa Noteć. Jedną z większych rzek jest Wełna.