Podstawowym narządem oddechowym są
skrzela. U
bezżuchwowców mają postać pofałdowanych worków (u
minoga jest ich siedem par i każde skrzele otwiera się na zewnątrz osobnym otworem). Skrzela
śluzic mają po każdej stronie ciała wspólne ujście. Skrzela ryb osadzone są na
łukach skrzelowych w postaci blaszkowatych wyrostków.
Ryby chrzęstne mają pierwszą szczelinę skrzelową zmienioną w tak zwaną
tryskawkę. U
płaszczek otwiera się ona na grzbietowej stronie ciała, za okiem. Pozwala ona pobierać czystą wodę oddechową, kiedy ryba spoczywa na dnie. Pozostałe szpary skrzelowe, okryte są kostnym
wieczkiem skrzelowym. Liczne gatunki ryb mogą też pobierać
tlen z wody przez skórę lub tlen
atmosferyczny przez ściany przewodu pokarmowego lub
pęcherza pławnego. Radzą sobie w ten sposób ryby dwudyszne, ale także
węgorze,
piskorze i niektóre
sumy.
