Przodków grzybów należy szukać wśród
proterozoicznych jednokomórkowych
protistów, charakteryzujących się między innymi brakiem
plastydów, zdolnością magazynowania
glikogenu oraz swoistym ułożeniem wici na tylnym biegunie
komórki (a nie jak u większości protistów na przednim). Na podstawie badań
molekularnych jest bardzo prawdopodobne, że te same pierwotne organizmy były również
protoplastami zwierząt. Czyli grzyby i zwierzęta, te dwa dziś tak odrębne królestwa, miały wspólnych protistów. Niestety badacze nie dysponują świadectwami kopalnymi z pierwszych etapów rozwoju grzybów, które zachodziły najprawdopodobniej w wodzie.