W drugiej połowie
XIX w. niemiecki biolog Ernst Haeckel badając
rozwój zarodkowy (
embriogenezę) różnych
kręgowców, dopatrzył się podobieństw między ich wczesnymi stadiami (na przykład zarodki kręgowców lądowych mają zawiązki
łuków skrzelowych). Sformułował nawet tak zwane
prawo biogenetyczne. Głosiło ono, że każdy organizm podczas
ontogenezy (rozwoju osobniczego) powtarza
filogenezę (rozwój rodowy) swojej grupy. Okazało się fałszywe, gdyż poszczególne grupy bardzo się różnią nawet na wczesnych etapach rozwoju zarodkowego (w zależności od typu jaj i rodzaju bruzdkowania). Rzeczywiście jednak w obrębie danej grupy wczesne stadia rozwojowe są zwykle bardziej konserwatywne niż dorosłe, co bywa bardzo przydatne w badaniach pokrewieństw
ewolucyjnych. W dużym uproszczeniu można przyjąć, że
zygota odpowiada poziomowi organizacji organizmu jednokomórkowych przodków zwierząt.