Aparaty Golgiego są widoczne na zdjęciu pod najciemniejszą barwą
Głównym zadaniem aparatu Golgiego jest modyfikowanie, pakowanie i przekazywanie zagęszczonych substancji (przede wszystkim lipidów i białek) poza komórkę oraz w jej obrębie. Proces przekazywania tych związków odbywa się poprzez kierowanie ich w pęcherzykach transportujących do powierzchni komórki, gdzie następnie zlewają się z błoną komórkową. Wtedy to podczas egzocytozy następuje sekrecja (wydzielanie). Aparaty Golgiego występują w dużej ilości (np. w komórkach wydzielniczych trzustki). Polisacharydy (wielocukry, cukry złożone) w komórkach roślinnych podlegają syntezie przez enzymy struktury Golgiego.