Znajdujące się w lizosomachenzymy byłyby w stanie rozłożyć większość lipidów komórkowych, kwasów nukleinowych oraz białek, co stanowiłoby większe niebezpieczeństwo, jednak jest ono niewielkie, ponieważ są one zamknięte w pęcherzykach i nieaktywne. Innym niebezpieczeństwem jest stosunkowo kwaśne środowisko (pH=5) wewnątrz lizosomów i przystosowanie enzymów lizosomalnych do tych warunków. Przypadkowe wydostanie się tych enzymów do cytoplazmy nie uczyniłoby większych szkód, ponieważ jej kwasowość wynosi średnio pH=7,2. Istotną rolę w selektywnym rozpoznawaniu zużytych białek pełnią specjalne receptory błonowe lizosomów.