W roku 96 p.n.e. Seleukos pokonał swojego krewnego
Antiocha IX Kyzikenosa
, mszcząc się tym samym za zamordowanie swojego ojca. Panował jednakże bardzo krótko.
Antioch X Eusebes
zmusił Seleukosa Epifanesa do ucieczki do
Mopsuestii
. Seleukos osadził tam swój bogaty dwór.
Mieszkańcy Mopsuestii, którzy w tym czasie niepokojeni byli przez
piratów
, nie byli w stanie zaspokoić potrzeb jego dworu. Próba stworzenia nowej armii spotkała się z silnym oporem. Nagle wybuchł bunt i Seleukos był uwięziony na miejskim
hipodromie
. Buntownicy zostali jednak pokonani przez króla i jego ludzi.