Jedną ze strategii działania jest „wnikanie w szeregi wroga”, czyli np. do układu immunologicznego, jak robią to pierwotniaki gatunku Toxoplasma gondii poprzez wdzieranie się do makrofagów. Toksoplazmozą wywołaną przez te pierwotniaki można zarazić się np. przez zjedzenie brudnych warzyw zawierających cysty lub przez spożycie niedogotowanego mięsa. Innym przykładem są stadia rozwojowe zarodźca malarii, które wnikają do krwinek czerwonych. Niektóre pierwotniaki są zdolne do zmieniania swoich antygenów do takiej postaci, która powoduje, że układ odpornościowy żywiciela nie działa na nie. W tym przypadku podobnie bezradne są leki stosowane do zwalczania chorób inwazyjnych. Również stosowanie przez dłuższy czas tych samych leków powoduje pojawienie się nowych odmian pasożytów.