U przemieszczających się szkarłupniotwór gębowy położony jest po spodniej stronie ciała, a odbytowy po grzbietowej. Wyjątkiem od tej reguły są strzykwy, leżące jakby „na boku” - otwór gębowy mają z przodu, a odbytowy z tyłu ciała. Otoczony wieńcem czułków otwór gębowy liliowców jest skierowany ku górze, a jelito tworzy pętlę, tak że otwór odbytowy znajduje się obok gębowego. Narządy oddechowe szkarłupni są słabo wykształcone. Przybierają postać albo wyrostków skórnych (jak u jeżowców), albo specyficznych worków połączonych z końcową częścią jelita (tak zwane wodne płuca u strzykwy). Wiele szkarłupni nie ma w ogóle narządów oddechowych.