Pierwszy etap zakażania jest nieco odmienny w przypadku bakteriofagów. Ponieważ u bakterii nie zachodzą procesy pinocytozy ani fagocytozy bakteriofagi – po połączeniu się z receptorem – wstrzykują do wnętrza komórki bakteryjnej kwas nukleinowy, natomiast cała reszta (kapsyd) pozostaje na zewnątrz. „Wstrzykiwanie” materiału genetycznego odbywa się przez skracanie trzonka.
Dalsze etapy namnażania wirusów są takie same zarówno w przypadku atakowanych komórek eukariotycznych jaki prokariotycznych.
