Metabolity wtórne to produkty metabolizmu, do których zalicza się m.in. garbniki (wywierają działanie toksyczne i garbujące, w dużych ilościach występują w różnych organach roślin pod postacią skupień koloru brunatnego lub też żółtego), alkaloidy (często silnie działające związki bezbarwne, występują w wakuolachkomórek liści, nasion, korzeni i owoców; najczęściej jest to chinina, nikotyna, morfina, kokaina, kofeina, skopolamina lub strychnina) oraz glikozydy (np. barwniki: antocjany i flawony). Jednym z głównych zadań wodniczki jest utrzymanie komórki w stanie odpowiedniego uwodnienia, czyli odpowiadają za jej turgor (jędrność). Zdarza się, że wakuola roślinne zawierają - podobnie jak lizosomy - enzymy trawienne.