Po wniknięciu do komórki rozpoczyna się faza replikacji. Wirus wchodzi w tzw. okres utajenia (eklipsy), w którym nie można stwierdzić mikroskopowo jego obecności w komórce. Wówczas też uwolniony z kapsydu kwas nukleinowy podporządkowuje sobie metabolizm zainfekowanej komórki. Wykorzystując rybosomy komórki gospodarza, jego energię i wielez jego enzymów, wirus powiela elementy składowe własnych cząsteczek, kwasu nukleinowego jak i składników kapsydu). Jedynie osłonki nie są wytwarzane przez wirusa, ale „porywane” z błony komórki gospodarza, w czasie opuszczania ją przez wirusy potomne.
Te wirusy, które jako materiał genetyczny zawierają RNA a nie DNA, na początku swego kwasu nukleinowego zawierają zapis enzymu – odwrotnej transkryptazy. W obecności tego enzymu na matrycy wirusowego RNA syntetyzowana jest cząsteczka DNA, a następnie zostaje ona wykorzystana jako „gen” do powielania cząstek wirusowego RNA i jego składników.
