Powstanie wirusów do dziś nie zostało wyjaśnione. Na ten temat istnieją trzy hipotezy.
Pierwsza zakłada, że są to formy przejściowe pomiędzy martwą i żywą materią organiczną. Są jak gdyby żyjącym dowodem na powstanie protobiontów (hipotetycznych, najprymitywniejszych form życia) poprzez łączenie się kwasów nukleinowych z białkami.
Według drugiej hipotezy, prosta budowa wirusów jest uwstecznieniem – adaptacją do pasożytniczego trybu życia.
Wreszcie trzecia hipoteza zakłada, że wirusy to fragmenty komórek (chromosomów lub kwasów nukleinowych), które oddzieliły się od struktur macierzystych i stanowią elementy patologiczne, zdolne do powielania się w komórkach.
