Objawami pierwszego stadium malarii są napady stanów gorączkowych, którym towarzyszą silne bóle głowy i dreszcze oraz zimno odczuwane przez chorego. Po kolejnych dwóch godzinach - drugie stadium - występuje gorączka dochodząca nawet do 41oC, a także wymioty i niepokój. Następnie po dwóch-czterech godzinach objawia się trzecie stadium, charakteryzujące się spadkiem temperatury, silnym osłabieniem organizmu i poceniem się. Objawy mają tendencję nawrotową co 48-72 godziny (zależnie od gatunku zarodźca), ponieważ są ściśle związane z cyklem rozwojowym zarodźca znajdującego się w krwinkach czerwonych, czemu towarzyszy jednoczesne uszkodzenie krwinek.