Praca układu pokarmowego jest także regulowana przez specyficzne hormony żołądkowo–jelitowe. Żołądek drażniony mechanicznie przez pokarm wydziela hormony pobudzające pracę jego własnych gruczołów. Zakwaszona treść żołądka, przedostająca się do jelita, pobudza go do syntezy hormonów stymulujących z kolei pracę trzustki, wątroby i jelit oraz hamujących wydzielanie gruczołowe żołądka.