Na drodze błyskotliwie rozwijającej się kariery naukowej stanęła wojna. Ingarden spędził ją głównie we Lwowie. W 1945 roku przeniósł się do Krakowa, gdzie wykładał na Uniwersytecie Jagiellońskim. Tu zgromadził liczne grono uczniów i sformował wokół siebie środowisko fenomenologiczne.
Druga połowa lat czterdziestych upłynęła Ingardenowi na pracy dydaktycznej i naukowej, wtedy też zaczęły ukazywać się jego dzieła napisane w czasie wojny: „Spór o istnienie świata” oraz „Szkice z teorii literatury”.
Filozofia uprawiana przez Ingardena została jednak uznana przez stalinowskie władze za idealistyczną, burżuazyjną, a przez to zbędną, a nawet niebezpieczną. Dlatego w 1950 r. został przez komunistów zmuszony do urlopu (co równało się zakazowi prowadzenia pracy dydaktycznej) i pozbawiony możliwości publikowania prac o charakterze fenomenologicznym.
Jedynym amerykańskim politykiem, który podpisał wszystkie cztery dokumenty kluczowe dla USA, czyli Deklarację Niepodległości, traktat pokojowy z Francją, traktat pokojowy z Wielką Brytanią i Konstytucję był Beniamin Franklin.