U niemal wszystkich prokariontów komórki wytwarzają sztywną ścianę komórkową. Zasadniczy zrąb tej ściany tworzą Łańcuchy mukopeptydu (zwanego peptydoglikanem lub mureiną). Dookoła ściany komórkowej często wykształca się tak zwana otoczka, która zbudowana jest najczęściej z substancji śluzowych.
Mikrobiolodzy na podstawie różnic w budowie ściany komórkowej wyróżniają trzy główne grupy bakterii:
